મુસા પ્રજાતિમાં પ્રવેગક પરમાણુ-આધારિત સંવર્ધનમાં ઉપયોગ માટે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટાસેટ્સની ઉપલબ્ધતા મર્યાદિત છે. ઇલુમિના હિસેક ટેક્નોલૉજી પડકારજનક અને પડકારજનક પરિસ્થિતિઓ હેઠળ ત્રણ અલગ-અલગ તાણ (યુમુસે લીફ સ્પોટ? માયકોસ્ફેરેલેલ્યુમુસે, રુટ લેઝન નેમાટોડ? પ્રેટિલેનચુસ્કોફી અને ભેજની ઉણપ તણાવ) માટે વિરોધાભાસી કલ્ટીવર્સ વચ્ચે વિભેદક જનીન અભિવ્યક્તિ નક્કી કરવા માટે કાર્યરત હતી. સરેરાશ 34.72 મિલિયન વાંચનને ~47629 કોન્ટિગ્સમાં એસેમ્બલ કરવામાં આવ્યું હતું અને દરેક લાઇબ્રેરીમાંથી ~5,466 સિમ્પલ સિક્વન્સ રિપીટ્સ (SSR) ઓળખવામાં આવ્યા હતા. તમામ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ માટે GO એનોટેશન અને KEGG પાથવે વિશ્લેષણ હાથ ધરવામાં આવ્યું હતું અને SSR, SNPs પણ શોધી કાઢવામાં આવ્યા હતા. આ માહિતીના આધારે એક MusatransSSRDB વિકસાવવામાં આવ્યું છે. હાલમાં, ડેટાબેઝમાં 32,800 SSR નો સમાવેશ થાય છે જેમાં વિશિષ્ટ માહિતી જેવી કે SSR ના પુટેટિવ ફંક્શન જેમાં જનીનો અને તેમના મેટાબોલિક પાથવે, વિવિધ તણાવની પરિસ્થિતિઓ હેઠળ અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલિંગ શામેલ છે. આ ડેટાબેઝ દરેક તાણ માટે અને તાણની અંદરના વિરોધાભાસી કલ્ટીવર્સ વચ્ચે ઇન્સિલિકો પોલીમોર્ફિક SSRs (2830 SSRs) પર માહિતી પ્રદાન કરે છે. દરેક સ્ટ્રેસ માટે પડકારજનક સ્થિતિમાં અલગ-અલગ રીતે વ્યક્ત જનીનો માટે વિશિષ્ટ insilico polymorphic SSRs પરની માહિતી પણ ઍક્સેસ કરી શકાય છે. ડીબી કલ્ટીવર્સ, સ્ટ્રેસ અને પોલીમોર્ફિઝમ માટે ટેબ પર નેવિગેટ કરીને પરિણામોની પુનઃપ્રાપ્તિની સુવિધા આપે છે. આ ડેટાબેઝ HTML, Java અને PHP નો ઉપયોગ કરીને વિકસાવવામાં આવ્યો હતો, ડેટાસેટ્સ MySQL ડેટાબેઝમાં સંગ્રહિત છે અને જાહેર ડોમેન (http://bioinfnrcb.byethost7.com/nrcbbio/) માં ઍક્સેસિબલ છે. આ અનોખી માહિતી કેળાના સંવર્ધકને ચોક્કસ ઉદ્દેશ્યોના આધારે SSR પ્રાઈમર પસંદ કરવા માટે સુવિધા આપે છે. આ MusatransSSRDB અન્ય જીનોમિક્સ ડેટાબેસેસ સાથે કેળામાં જટિલ લક્ષણો માટે આનુવંશિક વિચ્છેદન અને સંવર્ધનને સરળ બનાવશે. આ રીતે આ ડેટાબેઝ ખર્ચ, સમય, માનવશક્તિ અને અન્ય સંસાધનોને આર્થિક બનાવવા માટે એક પગલું આગળ છે.
check_circleલાભ (Benefits)
doneઆ ડેટાબેઝમાં વિવિધ જીનોમિક સ્ટેટસ (એએએ, એએબી અને એબીબી) અને બાયોટિક અને અબાયોટિક તણાવ માટે વિરોધાભાસી જીનોટાઇપ્સ વચ્ચેની પાંચ કેળાની ખેતીમાં પોલીમોર્ફિક SSR (પુનરાવર્તિત લંબાઈ અને મોટિફ ક્ષેત્ર માટે) પરની માહિતી જેવી વિશિષ્ટ વિશેષતા છે
doneસિલિકો પોલીમોર્ફિકએસએસઆરમાં પ્રાઈમર વિગતો મોનોમોર્ફિક એસએસઆરને ટાળીને માર્કર ડેવલપમેન્ટની કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરશે અને આર્થિક હશે
doneઆ માહિતી ફિંગર પ્રિન્ટીંગ માટે જીન બેંક ક્યુરેટર, કેળાના જર્મપ્લાઝમનું મોલેક્યુલર કેરેક્ટરાઇઝેશન જેવા વિશાળ વિભાગો માટે વધુ ઉપયોગી થશે; વિશિષ્ટ લક્ષણો માટે ઉમેદવાર માર્કર્સ વિકસાવવા માટે મોલેક્યુલર બ્રીડર તેમજ તેમના સંવર્ધન કાર્યક્રમ માટે વિવિધ માતાપિતાની પસંદગી માટે પરંપરાગત સંવર્ધક માટે
doneસામાન્ય જનીન પ્રવૃત્તિ માટે જનીનોમાં SSR પ્રદેશમાં ફેરફાર ખૂબ જ મહત્વપૂર્ણ હોઈ શકે છે
doneતે છે પુનરાવર્તિત ઉદ્દેશ્યનું વિસ્તરણ અથવા સંકોચન અનુરૂપ જનીન અભિવ્યક્તિને સીધી અસર કરી શકે છે અને ફેનોટાઇપિક ફેરફારોનું કારણ પણ બની શકે છે
doneઆમ ચોક્કસ તાણ માટે વિરોધાભાસી જીનોટાઇપ્સ પર પોલિમોર્ફિક SSR વિગતો સાથે, સંબંધિત બાયોટિક/એબાયોટિક સ્ટ્રેસ માટે વિરોધાભાસી જીનોટાઇપ્સની પડકારરૂપ અને પડકારજનક બંને પરિસ્થિતિઓ હેઠળ અભિવ્યક્તિ પેટર્ન પરની માહિતી પણ પ્રદાન કરવામાં આવી છે
doneઆ કેળાના સંવર્ધકને M
doneeumuase, P
donecoffeae અને જમીનની ભેજની ઉણપના તાણ જેવા વિવિધ તાણ માટે માર્કર વિકાસની પ્રક્રિયાને ઝડપી બનાવવા માટે ચોક્કસ તાણ હેઠળ અલગ અલગ રીતે વ્યક્ત કરાયેલ SCT પરની માહિતીના આધારે SSR પ્રાઈમર પસંદ કરવા માટે સુવિધા આપશે
વધુ માહિતી માટે સંપર્ક
location_on
Director, ICAR-National Research Centre for Banana, Thogamalai Main Road, Thayanur Post, Trichi-620102
doneઆ ડેટાબેઝમાં એસસીટી માટે જીન ઓન્ટોલોજી, એનોટેશન અને પાથવેની માહિતી સાથે કેળાની પાંચ કલ્ટિવર્સમાં પોલીમોર્ફિક એસએસઆર વિગતોની માહિતી છે, તે કેળાના સંવર્ધકને વિશેષતા ચોક્કસ માર્કર્સ વિકસાવવામાં મદદ કરશે
doneવધુમાં, જો સંવર્ધક ચોક્કસ લક્ષણ માટે જવાબદાર મેટાબોલિક માર્ગો જાણે છે, તો જરૂરી મેટાબોલિક પાથવેમાં સામેલ SCT ના SSRs પરની માહિતી પુનઃપ્રાપ્ત કરી શકે છે
doneઆમ તે ઉમેદવાર જનીન માર્કર્સ વિકસાવવાની પ્રક્રિયાને ઝડપી બનાવશે
doneઅમારા અગાઉના તારણો સાબિત કરે છે કે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ વ્યુત્પન્ન SSR માં Zingiberales ઓર્ડરની સમગ્ર પેઢીમાં ઉચ્ચ સ્થાનાંતરણક્ષમતા હોય છે અને આ રીતે, આ ડેટાબેઝ Zingiberaceae પરિવારના અન્ય સભ્યો સાથે તુલનાત્મક વિશ્લેષણની પ્રક્રિયામાં મદદ કરી શકે છે
